Ну из самых элементарных это различная цоколевка выводов. Это когда ставят на замену транзисторы с разными типами корпусов. Из тех, что посложнее - разная внутренняя "начинка"

. Ниже два рисунка, на одном изображен тр. с диодом внутри, на другом со стабилитронами.
К примеру если в блоке питания телевизора изначально стоял транзистор со встроенными стабилитронами а на замену установили транзистор с диодом (конечно при условии соблюдения основных характеристик) телевизор будет работать. Но при смене яркости картинки или громкости звука будет изменятся размер растра (картинки). Чтобы изучить подробнее тонкости поиска аналогов для транзисторов скачайте какую-нибудь книгу с описанием такого рода работ

.